人类自古对天空着迷，因此逐渐创造许多高科技的飞行机械，最后人类创造了飞行城市与要塞。后来飞行城市被毁，幸存的人们返回地面。最后只剩下一个称为拉夏草和樱桃去那数百间石屋里挨个找了，夏草认为如果这个洞窟了真的有火系晶石，那么这里的原住民在这里居住了十几代人，他们的屋子里一定有火晶石，最少也该有几颗。普达（Laputa）的飞行城市仍然留在空中，隐藏在激烈风曝的云层中。大部分的人认为它是虚构的，而有些人则相信它是存在的，并且试图寻找这座古代的城市。
在矿场工作的少年柏斯（Pazu）发现一位少女从天而降，于是柏斯将这位名叫希达（Sheeta）的少女安置在家中。希达拥有一个蓝铯的结晶，据说可以保佑她的安全。但是军队与海盗都在觊觎这块称为飞行石的宝石，柏斯与希达于是开始逃亡。后来军方捉到了希达并且得到飞行石，柏斯虽然救回希达但是飞行石仍然落入穆斯卡（Muska）的手中，因为飞行石仍够指引前往拉普达的方向，于是穆斯卡大佐随后率领军队准备前往拉普达而统治世界。柏斯与希达为了抢回飞行石并阻止他们，于是搭上了海盗的飞船前往拉普达……
