其中后一种可能比较大，因为陈源他们发现这里有上百具人类的骸骨不是在石屋里就是在室外的空地上，这说明这些人很可能是同时死去的，以致他们的尸体都没有人帮助掩埋。明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个S扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。
时Z治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。
造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击Z府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……
